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1、EB(溴化乙錠)
溴化乙錠是一種高度靈敏的嵌入性熒光染色劑，為強(qiáng)致癌誘變劑，但價(jià)格便宜。它與DNA的結(jié)合幾乎沒(méi)有堿基序列特異性。在高離子強(qiáng)度的飽和溶液中，大約每2.5個(gè)堿基插入一個(gè)溴化乙錠分子。EB的這種特性使其成為一種核酸染料，常用于瓊脂糖凝膠電泳中的核酸染色。溴化乙錠在紫外區(qū)302nm和366nm處有吸收峰，在紫外光的照射下，溴化乙錠可被激發(fā)出橙紅色的熒光(590nm)。結(jié)合有DNA的溴化乙錠復(fù)合物的熒光強(qiáng)度要比沒(méi)有結(jié)合DNA的染料高出20-30倍，因此溴化乙錠可檢測(cè)到少至10ng的DNA條帶，非常靈敏。
2、Gel Green和Gel Red
由Biotium公司研發(fā)推出的EB替代染料，染色效果和EB差不多，在紫外下不容易淬滅，可以用于膠回收。但價(jià)格較貴。
GelRed 和 GelGreen 是兩種集高靈敏、低毒性和超穩(wěn)定性于一身的的熒光核酸凝膠染色試劑。其水溶染色劑通過(guò)美國(guó)環(huán)保局安全認(rèn)定，廢棄物可直接倒入下水道，而不會(huì)造成任何環(huán)境污染。其特點(diǎn)有：
1)高靈敏度：GelRed 和 GelGreen 是目前市場(chǎng)中靈敏的凝膠核酸染料之一;
2)穩(wěn)定性*：可以使用微波爐加熱，可以在室溫下保存;
3)更安全：艾姆斯氏試驗(yàn)結(jié)果表明，該染料的誘變性遠(yuǎn)小于溴化乙錠(EB);
4)廣泛的適應(yīng)性：適用于預(yù)制凝膠和凝膠電泳后染色;
5)染色過(guò)程簡(jiǎn)單：與EB一樣，在預(yù)制膠和電泳過(guò)程中不必?fù)?dān)心染料降解;而電泳后染色過(guò)程也只需30分鐘且無(wú)需脫色或沖洗;
6)對(duì) DNA 和 RNA 的遷移影響?。簩?duì)核酸遷移的影響小于 SYBR Green I?;
7)與標(biāo)準(zhǔn)凝膠成像系統(tǒng)以及可見(jiàn)光激發(fā)的凝膠觀察裝置兼容：使用 312nm 激發(fā)的 UV 凝膠成像系統(tǒng)時(shí)，GelRed 可以的替代EB;使用 254nm 激發(fā)的 UV 凝膠成像系統(tǒng)或可見(jiàn)光激發(fā)的凝膠觀察裝置時(shí)，GelGreen 足以替代任意一種 SYB染料。但該染料會(huì)使小片段DNA遷移慢一些(與EB相比).
3、Gold View I型/II型
Goldview對(duì)于大片段DNA的染色效果良好，但是在對(duì)于500bp以下的片段效果不是很好，還有一個(gè)很致命的弱點(diǎn)是它的熒光基團(tuán)在紫外燈下非常容易淬滅，一般5-10min條帶就會(huì)消失。另外Goldview不適用于膠回收。Goldview其實(shí)就是AO(丫啶橙，一種劇毒產(chǎn)品)且熒光效果遠(yuǎn)不如EB，靈敏度差，本底色嚴(yán)重，不利用于回收，不穩(wěn)定，在紫外燈下其誘導(dǎo)突變能力*
4、SYBR Green 和SYBR Gold
穩(wěn)定性差，也有毒性。它屬于花箐素類(lèi)核酸染料，花箐類(lèi)染料不是無(wú)毒的，而只是低毒的，電泳級(jí)別的是經(jīng)過(guò)修飾的，修飾有三種：1.加入鹵素或氰基。2.插入環(huán)羥基。3.加入穩(wěn)定劑。SYBR Green I是高靈敏的DNA熒光染料，適用于各種電泳分析，操作簡(jiǎn)單：無(wú)須脫色或沖洗。至少可檢出20pg DNA，高于EB染色法25-100倍。SYBR Green I 與dsDNA 結(jié)合熒光信號(hào)會(huì)增強(qiáng)800-1000倍，用SYBR Green I染色的凝膠樣品熒光信號(hào)強(qiáng)，背景信號(hào)低。SYBR Green和SYBR Gold相對(duì)于EB的穩(wěn)定性要差很多。SYBR系列的染料也能進(jìn)入細(xì)胞染色線粒體以及核內(nèi)的DNA，從而產(chǎn)生危害。SYBR Green I已被證實(shí)在紫外光下將會(huì)產(chǎn)生強(qiáng)誘變能力，使DNA或其他物質(zhì)發(fā)生突變。
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