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目前大多數(shù)商業(yè)化的核酸染料(凝膠染色試劑)總是在安全性、穩(wěn)定性和靈敏性等方面不*令人滿意。例如，雖然 EB (溴化乙啶)作為目前使用廣泛的核酸凝膠染色試劑，能夠在多數(shù)應(yīng)用中提供可以接受的靈敏度，但它是一種高誘變性的化學(xué)物質(zhì)。而且EB染色后具有較高的背景熒光信號(hào)。
SYBR Green I 和 SYBR Gold 也被廠家宣傳為靈敏的凝膠染色試劑。但 SYBR Green I 尤其是 SYBR Gold 在常用的微堿性電泳緩沖溶液或預(yù)制凝膠中會(huì)快速降解，穩(wěn)定性差導(dǎo)致染色效果極不可靠。 SYBR safe 被認(rèn)為是市場(chǎng)上較為安全的核酸染料 ，但它的染色效果還遠(yuǎn)不及 SYBR Green I 。
至于國(guó)內(nèi)有公司宣稱(chēng)的新產(chǎn)品Goldview，我們不想多加評(píng)論。因?yàn)閺臉O為相似的對(duì)比試驗(yàn)結(jié)果來(lái)看，該產(chǎn)品似乎就是AO(丫啶橙 ，一種劇毒產(chǎn)品，且熒光亮度不佳)。請(qǐng)看Goldview 與 AO 對(duì)比試驗(yàn)結(jié)果(其中Goldview是從國(guó)內(nèi)某公司采購(gòu)，AO則來(lái)自SIGMA，報(bào)告來(lái)自開(kāi)放生物)
GelRed 和 GelGreen 無(wú)論用于預(yù)制凝膠染色還是凝膠電泳后染色，都表現(xiàn)出了*的靈敏度。為配合 312 nm UV 凝膠成像系統(tǒng)而設(shè)計(jì)的 GelRed ，在使用了我們新開(kāi)發(fā)的具有的試驗(yàn)步驟后(該試驗(yàn)步驟中使用稀釋的 NaCl 溶液替代傳統(tǒng)的 TBE 緩沖溶液)，在凝膠電泳后染色中優(yōu)于或者至少相當(dāng)于 SYBR Gold 。但與 SYBR Gold 不同， GelRed 在預(yù)制凝膠中使用時(shí)仍然有*的靈敏度，事實(shí)上GelRed 在檢測(cè)低濃度、微量 DNA 方面比 EB 表現(xiàn)出更高的靈敏度，尤其對(duì)小分子量的 DNA 檢測(cè)非常靈敏(圖1)。 GelGreen 可以滿足使用 488 nm 激光凝膠掃描儀或者可見(jiàn)光激發(fā)的 Dark Reader 的研究人員的使用要求。 GelGreen 無(wú)論是在預(yù)制凝膠還是凝膠電泳后染色中都與 SYBR Green I 靈敏度相當(dāng)，但不存在后者的不穩(wěn)定性問(wèn)題。實(shí)際上， GelRed 和 GelGreen ，特別是 GelRed 非常穩(wěn)定，可以長(zhǎng)期在室溫下保存。當(dāng)這兩種染料稀釋在 TBE 或者類(lèi)似的電泳緩沖溶液中時(shí)甚至可以使用微波爐加熱，便于采用常規(guī)方法制備預(yù)制凝膠。含有染料的預(yù)制凝膠可以成批制備，長(zhǎng)期保存。
同樣重要的是， GelRed 和 GelGreen 相比 EB 或 SYBR Green I 提高了安全性。 獨(dú)立的測(cè)試服務(wù)公司( Litron Laboratories, Inc. )進(jìn)行的標(biāo)準(zhǔn)艾姆斯氏測(cè)試結(jié)果表明， 在 18.5 μ g /mL (該濃度遠(yuǎn)高于推薦用于電泳后染色的 約 4 μ g/mL 的 3X 染色液 )濃度下， GelGreen 沒(méi)有誘變性，而 GelRed 也僅在 S9 代謝活化時(shí)有微弱的誘變性。 GelRed 和 GelGreen 的特殊化學(xué)結(jié)構(gòu)使其難以穿透細(xì)胞膜進(jìn)入細(xì)胞，正是這一特性降低了染料的細(xì)胞毒性。如圖3。相反， SYBR Green I 廣泛地用于活細(xì)胞線粒體和核 DNA 染色，這正是由于它能快速的被細(xì)胞吞入。由于已知 SYBR Green I 對(duì)紫外線導(dǎo)致的突變有強(qiáng)烈的增強(qiáng)作用( Ohta et al. Mutat. Res. 492 , 91(2001) )，因此它的高細(xì)胞膜透性使它在紫外環(huán)境觀察時(shí)成為凝膠染色的主要有害物質(zhì)。
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